En Axular Lizeoa venimos trabajando en la gestión de calidad según el modelo EFQM (European Foundation for Quality Management) desde el año 1996.

• En reconocimiento a esa labor Euskalit concedió a la Ikastola el Diploma de Compromiso con la Calidad y la Excelencia.
• Durante el año 2004 presentamos la memoria de calidad del Centro que mereció la Q de Plata como certificado de calidad.
• En el mismo año, el Ministerio de Educación y Ciencia nos concedió una mención honorífica a la calidad.
• En 2005 presentamos una ponencia sobre el uso del portal web como herramienta pedagógica y comunicativa en los Segundos Encuentros de Buenas Prácticas de Gestión organizados por Euskalit, y en los que se eligen diez buenas prácticas de empresas del Club 400, es decir, que posean la Q de Plata u Oro. Nuestra ponencia fue premiada como la mejor práctica de calidad del año.
• Del mismo modo, en el año 2006 la ponencia que presentamos sobre AGENDA 21: La gestión medioambiental de nuestra ikastola, obtuvo el tercer puesto en los Terceros Encuentros de Buenas Prácticas de Gestión organizados por Euskalit.
• En 2007 obtuvimos de nuevo el primer premio en los Cuartos Encuentros de Buenas Prácticas de Gestión con la ponencia: Utilización de software libre para la formación de personas y gestión de recursos: la escuela virtual abierta (ver noticia).
• Durante el año 2008 presentamos la memoria de calidad del Centro que mereció la Q de Oro como certificado de calidad.
• En 2017 obtuvimos el premio del público en los Decimocuartos Encuentros de Buenas Prácticas de Gestión organizados por Euskalit con la ponencia: "Sargoi, red social educativa".
• En 2020 obtuvimos el premio del público en el el 4º Festival de Cortometrajes "Gestión en corto" organizado por Euskalit.
• En 2020 realizamos una revisión en profundidad del de todo el sistema dentro de nuestro plan #GEROA2030 y pusimos en marcha AKAS (Axularreko Kudeaketa Aurreratu Sistema). Este sistema permitió el trabajo en red de nuestros equipos internos en la ikastola proporcionando las herramientas adecuadas para la gestión, seguimiento y evaluación de nuestros equpos de trabajo. 
• Tras participar en el programa 3K de Euskalit, la sección de Eskola Kirola de la ikastola y el club deportivo Pedro Axular KKE obtienen en el año 2022 el diploma 3k. Así mismo, y tras presentarse a un contraste externo, obtienen en Diploma a la Gestión Avanzada como certificado de calidad. 
• Durante el año 2022 hemos presentado la memoria de calidad del Centro que ha merecido la " A de Plata, nivel avanzado" como certificado de calidad.